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蛋白表達是指用模式生物如細菌、酵母、動物細胞或者植物細胞表達外源基因蛋白的一種分子生物學技術(shù)，在基因工程技術(shù)中占有核心地位。細胞搖瓶是蛋白表達中經(jīng)常會用到的一種耗材。

蛋白表達就是DNA上的基因轉(zhuǎn)錄成RNA再翻譯成蛋白質(zhì)的過程。蛋白質(zhì)表達就可以將基因所控制的相應的（遺傳）性狀表達出來。按照宿主細胞來劃分，蛋白質(zhì)表達系統(tǒng)可以分為原核表達系統(tǒng)和真核表達系統(tǒng)兩大類。原核表達系統(tǒng)有大腸桿菌表達系統(tǒng)、芽孢桿菌表達系統(tǒng)、鏈霉菌表達系統(tǒng)。真核表達系統(tǒng)有酵母菌表達系統(tǒng)、昆蟲表達系統(tǒng)、哺乳動物表達系統(tǒng)和植物細胞表達系統(tǒng)。

原核蛋白表達的流程包括原核表達載體的構(gòu)建、轉(zhuǎn)化到高效表達的宿主菌，目的蛋白質(zhì)的誘導表達、細菌的擴大培養(yǎng)、制備細菌蛋白粗提取物、目的蛋白質(zhì)的純化等，其中，細胞搖瓶主要應用在細菌的培養(yǎng)及擴大階段，如果是大規(guī)模的蛋白表達需要用到容量更大的高效搖瓶。

蛋白表達僅僅是細胞搖瓶應用中的一方面，此外，它還用于懸浮細胞的培養(yǎng)、培養(yǎng)基的制備或儲存，是一種經(jīng)濟、實惠的培養(yǎng)或儲存容器。